La Comunidades Autónomas que participaron en PISA 2009 fueron: Andalucía, Aragón, Asturias, Baleares, Canarias, Cantabria, Castilla y León, Cataluña, Galicia, La Rioja, Madrid, Murcia, Navarra y País Vasco, y las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla.