Ubicado en su momento en un terreno periférico de la ciudad, conocido como Huerta Salama, junto a la Granja Agrícola, hecho que ha supuesto que se conozca al Instituto desde entonces con el sobrenombre de “Huerta Salama”, el IES Juan Antonio Fernández Pérez de Melilla es un Centro educativo nacido en 1995, y cuyo alumnado proviene desde sus comienzos, en gran parte, de la zonas más deprimidas de la ciudad (Barriadas Cañada de la Muerte, Cabrerizas y Constitución), por lo que presentan un nivel económico y cultural bajo.
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